Сюжет картины вращается вокруг суровой реальности нашей родины, он основан на выяснении обстоятельств исчезновения тысяч людей нашей огромной страны. Обстоятельства, при которых пропадают люди в России, настолько различны, что провести анализ и подвести всё под общую черту не представляется возможным. Каждый год на территории Российской Федерации пропадает больше чем 100 000 человек, из которых 20 000 человек уже никто никогда не увидит.

«Девятый отдел» основан при главном управлении внутренних дел города Москвы, в его юрисдикцию входит розыск пропавших людей и выяснение обстоятельств, при которых они исчезали. Оперативные работники этого отдела отличаются особым складом ума, что делает их незаменимыми в расследовании подобных преступлений.

Картина начинается со знакомства главных героев. Вот только знакомство проходит в не совсем обычном месте, судьба свела друг с другом будущих сотрудников на кладбище, во время расследования очередного преступления. В этом месте обнаруживается труп человека, который уже целых пять лет разыскивается органами внутренних дел.

Зритель знакомится с капитаном Чесноковым, который является участковым на этой территориальном участке. Сам по себе капитан Чесноков личность далеко незаурядная, из-за своего неукротимого нрава его неоднократно разжаловали и, теперь он трудится обычным участковым. В ходе этого расследования он знакомится с майором Соколовской и старшим лейтенантом Рувиновым.

Первое расследование новоиспеченных коллег не заставило себя долго ждать, им поручают розыск журналистки Ирины Кондратьевой, которая славится тем, что пишет статьи на криминальную тематику. Профессиональная деятельность становится на первом месте в подозрениях сотрудников Девятого отдела.

В ходе расследования дела стало известно, что Ирина уехала в отпуск и не вернулась, а перед тем как уехать она внезапно и очень дёшево продала свою квартиру. Так же выяснилось, что в круге знакомых Ирины имеются люди связанные с криминальной деятельностью, конечно же, они тоже попадают под подозрения сотрудников. Но всё это лишь верхушка айсберга, на самом деле сотрудники Девятого отдела и предположить не могли в какую историю вляпалась несчастная журналистка…

Со временем новые сотрудники Девятого отдела станут настоящей командой, перед которой будут ставиться невероятно сложные головоломки, для их решения им предстоит вступить в схватку с самыми непредсказуемыми личностями криминального мира России.

Засады, перестрелки, погони, всё это лишь не большая часть нового отечественного сериала, в основе которого лежит, в первую очередь торжество справедливости и наказуемость виновных…